קורות חיים
בן רבקה והרב פנחס. נולד בחודש ניסן תרי"א (1851) בעיר יזד, איראן, שכונתה "ירושלים קוטשוק", כלומר ירושלים הקטנה. אביו של ישמעאל, שכונה "מולא הומיון", היה אב-בית-דין בעיר, עשיר ונכבד. בהיותו בן 12 לערך יצא עם משפחתו את יזד, כשמגמת פניהם ארץ-ישראל. בדרך מת עליו אביו, והנער נשאר בבגדד בבית דודו, "אג'א הומיון". מקטנותו ניכר בו שלגדולות בתורה נועד. בהדרכת דודו התמסר ללימודי התורה בכל כוחו, ולמד שנתיים בישיבת הרב המקובל רבי יוסף-חיים.
בשנת תרל"א עלה ארצה עם דודו, התיישב בצפת והמשיך לשקוד על לימודי התורה. אותו זמן הגיע לצפת הרב ר' משה הכהן נהר, שהיה ראש רבני העיר תיריא הסמוכה לאיזמיר. למדנותו הרבה של ישמעאל ושפע ידיעותיו הרשימוהו עד מאוד, והוא נתן לו את בתו שרה לאישה. בשנת תרל"ו, בהיותו בן 25 שנים בלבד, נתמנה לחבר בית-הדין של העדה הספרדית.
הוא שימש כרב חליפות באיראן, בצפת ובטורקיה, ונודע בקרב בני קהילתו הן בידענותו הרבה הן במעשי צדקה. הוא ניהל את עדתו במשך 30 שנה ונתחבב על הכול במידותיו התרומיות ובענוותנותו, שלא נפלה מגדולתו בתורה. לאחר מות אשתו נשא ישמעאל לאישה את רבקה למשפחת בארקי. ישמעאל היה איש רב-פעלים ופעל רבות לטובת בני עדתו ובשליחות הקהילה, ועסק בגיוס כספים לטובת תלמידי-חכמים עניים. על כתב-השליחות (שד"רות) ציין רבה של חברון את ר' ישמעאל במלים: "איש יקר זרע קודש". בשובו ממסעותיו בשנת תר"ס נתמנה להיות ראש לרבני צפת. בראשית תרס"ו הוזמן להיות רב ראשי ו"חכם באשי" בעיר תיריא, ושם כיהן בקודש במשך 14 שנים. באותה תקופה מתה עליו אשתו רבקה, והוא נשא לאישה את רושא, בת הרב חיים דוד צוריאנו מאיידין בטורקיה.
בשריפה, שפרצה בביתו וכילתה את ספריו המרובים, ראה ישמעאל אצבע אלוהים ועונש על שעזב את ארץ-ישראל. הוא התפטר אפוא ממשרתו וחזר בשנת תר"ף לצפת עם משפחתו, ונתמנה לראש רבני העדה הספרדית במקום. הרב ישמעאל היה רצוי לכל אחיו, ספרדים ואשכנזים, לא מש מאוהלה של תורה, והיה הראשון לבוא לבית-הכנסת, כדי שבאי בית-הכנסת לא יצטרכו לקום לכבודו. הוא ניהל התכתבות ערה עם רבני דורו והשיב לשאלותיהם בענייני הלכה. רבי ישמעאל היה רב ספרדי ראשי בצפת עד שנת תרפ"ז. אז הורעה בריאותו ולא אפשרה לו למלא את תפקידו כראוי, אבל עד יום מותו היה פעיל בענייני ציבור וקהילה. בימיו האחרונים היה רתוק למיטתו, ובכל זאת לא פסק ללמוד וללמד.
ביום חמישי כ"ג באב תרפ"ט (29.8.1929) התנפלו אלפי ערבים מוסתים מצפת והסביבה על שכניהם, בני הקהילה היהודית שמנתה 1,200 נפש, ברובם זקנים, נשים וילדים. הפורעים עברו מבית לבית, הכו, שחטו ושרפו ללא רחם גברים, נשים וטף.
הפרעות בצפת גבו 18 קרבנות. בין ראשוני הנפגעים היה הרב ישמעאל הכהן. הוא נפצע קשה ומת באותו לילה, כ"ד באב תרפ"ט (30.8.1929).
הרב ישמעאל הכהן הובא למנוחות בבית-העלמין בצפת. השאיר אחריו בנים ובנות. רעייתו רושא נפצעה יחד איתו, הועברה לבית חולים בחיפה ושם נפטרה אחרי שלושה שבועות.
רבי ישמעאל הכהן השאיר אחריו חידושי תורה, שנתפרסמו בספרים שונים, וכן שאלות ותשובות משלו. תולדות חייו נתפרסמו בספר מיוחד לארץ הקודש, ושמו הונצח בספרים יזכור לקדושי תרפ"ט, אנציקלופדיה לבוני הישוב, מלחמה ושלום בארץ-ישראל, חללי בת-עמי, מאורעות הדמים - חמישים שנה לטבח בצפת.